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タスクバー（スタートボタンや時計のある1列）は、どの位置についてますか？
当てはまる位置のラジオボタンをチェックしてください。
これは最大化ボタンを正しく動作させるために必要な設定です。

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フォルダを開くごとの初期表示モードを選んでください。
通常モード … 左側になにも表示されていない広々モード
プレビュー付きモード … 左側にファイルの情報欄やイメージプレビューが付いてるモード

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左パネル（プレビューパネルとステータスパネル）の横幅を決めてください。
半角で20〜90の数字を入れます。（範囲外の数値を入れると20か90に自動修正されます）
黒枠がウィンドウ（エクスプローラ）全体の幅を、色のついた部分が左パネルの大きさを表します。
数字を入れてから適当なとこをクリックすると大きさが変化しますので、大体の参考にしてください。
単位はパーセントです。

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ウィンドウ切り替えボタンで新しいウィンドウを開く時、常にツリー付きで開きたい時は、チェックしてください。
いずれの場合も、その時の状況で自由に選べます。

ウィンドウ切り替えボタンは、ExpExpツールバーにある のボタン。
押すと に変わり、新しいウィンドウで開くようになります。
また、この時フォルダ箱の右端にチェックボックスが出現し、チェックするとツリー付きで開きます。
ここの設定をチェックしておくと、このチェックボックスがデフォルトでチェックされている状態になります。

※チェックするとどうなるの？ 通常は、普通に window.open("ジャンプ先のパス") で開きます。 チェックされていると、/e,"ジャンプ先のパス"をコマンドラインにセットして explorer.exe を起動します。

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初期設定では、 クリップボードにコピー のセレクトボックスでコピーすると、結果がダイアログで表示されます。
これがうざったい！って人はチェックしてください。ダイアログが出なくなります。
「本当にコピーされたの？」って不安になる人は、チェックしない方がいいでしょう。

なお、「フルパスをコピー」で階層の区切りは \ のままか / に変換するか、の問い合わせダイアログはキャンセルできない仕様となっております。

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初期設定では、「はんぶんこボタン」を押すと、エクスプローラが上半分か下半分になります。
これをチェックすると、左半分か右半分になります。
しかし、ExpExpの画面は上下用に設計されているので、チェックするのはおすすめしません。

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リサイズボタンを押した時、リサイズと同時に位置も移動されます。
その位置とサイズを決めてください。
※はんぶんこボタンを押した時の大きさは、この数値を元に2で割ったりして計算します。

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ExpExp側のホームボタン を押した時の行き先を決めてください。
フォルダの他、HTMLや画像、ホームページのURLまで、IEで表示できるものならなんでもOK。

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ファイルをなにも選択してない時、ステータスパネル（左上のファイル情報が出る欄）には4つのボタンがあります。
押すとマイドキュメントにジャンプしたりフォルダのフルパスをコピーできたりします。
このボタンの不透明度を0〜100で指定してください。
0にすると完全透明になり、見えなくなります。（しかし、存在します）
30以下はほとんど見えないので、これ以上にすることをおすすめします。
ステータスパネルに貼るワンポイント画像を目立たせたい時は低めがいいでしょう。（そのためにあります）

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フォント関係の設定です。具体的には、フルパスリンク・現在フォルダ名・ステータスパネルのフォントを設定します。
すべての値はそのままスタイルシートにセットするので、詳しい方は直入力しても構いません。
スタイルシートを知らない人は、 ボタンを押すと簡単設定ウィンドウが開きます。
ただし、簡単設定ウィンドウは複数同時に開かないでください。スクリプトエラーが起きます。
設定を変えた後は、 ボタンの上にマウスを乗せると、下にあるサンプルが更新されます。